小三通貨物通關去年底以來，發生嚴重卡關，財政部次長吳當傑表示，大陸官方希望小三通貨物通關，回歸正常化、正規化，我方將透過陸委會與陸方交涉。經濟部次長卓士昭說，「小三通不是變不通，而是要改走正常報關程序。」

小三通貨物通關卡關，立委蔡煌瑯形容，「現在連一包茶葉都沒辦法過去」，不少中小企業台商原本倚重小三通，現在，快速通關、低關稅等優惠都沒了，改由大三通路徑，得面臨運費增加、時間拉長、關稅提高，中小企業哀鴻遍野。

財政部關務署長饒平表示，根據關務署統計，透過小三通輸出貨物量一直在降，降幅頗高，關務署詢問陸方原因，得到的回答是，「發現（小三通）很多弊端」，現在要正常化。關務署已請陸方明確告訴廠商通關規定。